Esta sección se dedicará al Museo Virtual de Historia Natural e Iniciativa Agustín Stahl.

La herpetofauna de Puerto Rico está compuesta por 25 especies de anfibios y 61 especies de reptiles.La mayoría del clado de los reptiles terrestres de las indias del Oeste se cree vino en una pequeña dispersión desde Suramérica. Existen pocas evidencias que soporten esta hipótesis alternativa en lugar de la hipótesis de proto-Antillas. La otra herpetofauna terrestre se cree que llegó a las indias del Este (y Puerto Rico) por el mismo método y experimentado posteriormente la vicarización de bancos e islas. Como consecuencia, Puerto Rico y el Caribe en general, tiene uno de los más altos porcentajes de endemismo entre anfibios y reptiles en el mundo. Las especies anfibias en Puerto Rico pertenecen a cinco familias: Bufonidae (2 especies), Hylidae (3), Leptodactylidae (18) y Ranidae (2). Los reptiles incluyen las tortugas(de agua dulce y marina), lagartos, Culebrillas ciegas, serpientes y un caimán.

Todas las especies de Ranidae e Hylidae actuales en Puerto Rico fueron introducidas. Una especie de la familia Bufonidae, el Sapo de caña, es introducido mientras que la otro, el Sapo Concho(Bufo lemur) es endémico y se encuentra en peligro. El sapo de las cañas fue introducido en Puerto Rico en los años 20 para controlar la población de escarabajo blanco un parásito de la caña de azúcar. Todas las especies de la familia Leptodactylidae son nativas de la región. De las 18 especies de Leptodactylidae, 17 de son del genero Eleutherodactylus y son comúnmente conocidas en Puerto Rico como coquís. Tres de estas, coquí palmeado, el coquí dorado, y el Coquí de Eneida, están a punto de extinguirse. El coqui dorado es la única especie que aún vive de la familia Leptodactylidae y el Guajón (Eleutherodactylus cooki) es la única Eleutherodactylus sp. que muestra dimorfismo sexual tanto en tamaño como en color. La coquí común (Eleutherodactylus cooki) es un símbolo nacional no oficial de Puerto Rico y un aspecto importante de la cultura puertorriqueña. Dado que 14 de las 17 coquís son endémicas del archipiélago, un dicho común de los puertorriqueños para hacer valer su orgullo nacional es: “De aquí como el coquí”.

Tortuga Hawksbill, una especie en peligro
La fauna de tortugas de Puerto Rico incluye tanto de agua dulce (5 especies, incluyendo dos extinguidas) como tortugas marinas (5). Dos de estas especies, la tortuga Hawksbill y la tortuga del mar de Leatherback, están en peligro. Las amenazas a estas especies incluyen la destrucción del hábitat y la captura ilegal de huevos e individuos. El Caimán de Anteojos, una especie introducida, es el único representante del orden Crocodylia en Puerto Rico. El mayor lagarto terrestre del archipiélago de Puerto Rico es la iguana de mona (Cyclura cornuta stejnegeri). Se trata de una subespecie de la Iguana Rinoceronte (Cyclura cornuta), endémica de la isla de Mona, situada en el Canal de la Mona entre la isla principal de Puerto Rico y la República Dominicana. Otra especie Cyclura de tamaño similar, la iguana de Anegada (Cyclura pinguis), se dio alguna vez en el archipiélago pero quedó erradicada debido a la depredación de perros, gatos y humanos, a la destrucción del hábitat, y a la competición con cabras y cerdos, y actualmente está restringida a Anegada.

Boa de Puerto Rico, la mayor serpiente de Puerto Rico
Las 11 especies de serpientes que se dan en Puerto Rico son, en general, consideradas no venenosas, aunque las investigaciones han concluido que al menos una especie, la Racer puertorriqueña (Alsophis portoricensis), segrega veneno. Estas especies pertenecen a 3 familias y 4 géneros: Typhlopidae (Thyplops genus), Boidae (Epicrates) and Colubridae (Alsophis and Arrhyton). La serpiente más grande de Puerto Rico es la Boa de Puerto Rico(Epicrates inornatus), que es endémica, con una longitud máxima de 12 pies (3.7 m). La dieta de las serpientes de Puerto Rico se compone de reptiles (Ameiva, Anolis, Geckos), coquís y otras ranas, y, en menor medida, ratones, pájaros y murciélagos (exclusivamente por la Boa de Puerto Rico).

El lagarto más común en Puerto Rico es el lagartijo jardinero (Anolis pulchellus). Los lagartos Anolis de Puerto Rico, y de las Antillas Mayores en general, representa un caso interesante de radiación adaptativa. Los lagartos Anolis de las Antillas Mayores están más estrechamente relacionados con otras especies dentro de la misma isla que con especies de otras islas adyacentes. Sorprendentemente, incluso aunque la divergencia de la especie ocurrió independientemente en cada isla, ha evolucionado el mismo conjunto de ecomorfos en todas.